Prof. Eisner studierte an der TU München Verfahrenstechnik, machte 1991 dort seinen Abschluss und promovierte 1997. Nach Abschluss der Habilitation wurde er 2014 Privatdozent für den Bereich Verfahrenstechnik pflanzlicher Rohstoffe« an der TUM School of Life Sciences und hält seitdem dort für die Studierenden der Lebensmitteltechnologie Vorlesungen zu Allgemeiner Lebensmitteltechnologie und zu Pflanzlichen Proteinen.

1996 begann Prof. Eisner seine Tätigkeit im Fraunhofer IVV in verschiedenen Positionen. 2006 übernahm er die Leitung der Abteilung Verfahrenstechnik. In dieser Funktion arbeitete er maßgeblich an der Etablierung der Lebensmittelentwicklung und an der Konzeption des Lebensmitteltechnikums im Fraunhofer IVV. Seit 2017 ist Prof. Eisner stellvertretender Institutsleiter. In dieser Funktion ist er verantwortlich für den Bereich Technologietransfer. Seine Arbeit zeichnet sich auch durch seine internationale Vernetzung in die Industrie und durch die Akquise großer Forschungsprojekte aus. Beispiele dafür sind das 2013 in Brasilien etablierte Fraunhofer Project Center und die Erforschung neuer Lebensmittelsystem im Rahmen der seit 2021 bestehenden Fraunhofer Innovation Platform (FIP).

Die wissenschaftlichen Arbeiten und Publikationen von Prof. Eisner liegen in der Entwicklung von Verfahren zur Verarbeitung von Proteinpflanzen und Ölsamen und in der Gewinnung, Modifikation und Applikation pflanzlicher Lebensmittelzutaten. Die zeitnahe Überführung seiner Forschungs- und Entwicklungsergebnisse in Innovationen und damit in die Praxis stehen bei ihm stets im Fokus.